Aktem prawnym, regulującym sposób załatwiania spraw jest ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego. Na podstawie zapisów ww. dokumentu urząd zobowiązany jest do załatwienia sprawy bez zbędnej zwłoki, nie później niż w ciągu miesiąca od dnia złożenia wniosku, a w sprawach wyjątkowo skomplikowanych, w ciągu dwóch miesięcy. Niekiedy terminy te, mogą zostać przekroczone, szczególnie gdy opóźnienie wynika z przyczyn niezależnych od urzędu. W takim przypadku konieczne jest poinformowanie zainteresowanego, z podaniem przyczyn zwłoki i wskazaniem nowego terminu załatwienia sprawy.

Wszystkie sprawy zgłaszane do urzędu załatwiane są przez wydziały merytoryczne. Pisma wpływające rejestrowane są w sekretariacie, a z obowiązku tego wykluczone są jedynie różnego rodzaju oferty, foldery reklamowe itp.

Procedury załatwiania spraw, opisano w kartach, uporządkowanych tematycznie. Zawierają one w szczególności informacje na temat dokumentów wymaganych dla załatwienia danej sprawy, opłat, miejsca złożenia i odbioru dokumentów, terminu udzielenia odpowiedzi oraz podstawy prawnej.

 Sprawy dotyczące ochrony przyrody

• Odszkodowanie za szkody wyrządzone przez bobry
• Zezwolenie na wykonanie czynności podlegających zakazom w stosunku do gatunków objętych ochroną
• Zgoda na odstępstwa od zakazów obowiązujących na terenie rezerwatów przyrody
• Opinia odnośnie potrzeby przeprowadzenia oceny oddziaływania przedsięwzięcia na obszar Natura 2000
• Uzgodnienie decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego warunków zabudowy i zagospodarowania terenu
• Ustalenie lub likwidacja stref ochrony ostoi miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową
• Zezwolenie na czynności podlegające ograniczeniom w strefach ochrony ostoi miejsc rozrodu-i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową
• Uzgodnienie projektu uchwały o utworzeniu lub likwidacji formy ochrony przyrody
• Uzgodnienie warunków realizacji przedsięwzięć w zakresie oddziaływania na obszar Natura 2000
• Zaświadczenie/Deklaracja/Oświadczenie organu odpowiedzialnego za monitorowanie obszarów Natura 2000
• Zaświadczenie o zgodności planu działalności rolnośrodowiskowej z planem ochrony lub celem ochrony obszarów chronionych
• Zgłoszenie przypadkowego schwytania lub zabicia zwierzęcia należącego do gatunku objętego ochroną

Sprawy z zakresu ocen oddziaływania na środowisko i szkód w środowisku

• Zgłoszenie zakończenia działań zapobiegawczych lub naprawczych  
• Decyzja uzgadniająca warunki przeprowadzenia działań naprawczych
• Decyzja zatwierdzająca program gospodarki odpadami niebezpiecznymi na terenach zamkniętych
• Opinia na temat dokumentów podlegających strategicznej ocenie oddziaływania na środowisko
• Decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięć  mogących zawsze znacząco oddziaływać na środowisko
• Decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięć mogących potencjalnie znacząco oddziaływać na środowisko
• Uzgodnienie warunków realizacji przedsięwzięć
• Uzgodnienie zakresu i stopnia szczegółowości informacji wymaganych w prognozie oddziaływania na środowisko
• Uzgodnienie możliwości odstąpienia od przeprowadzenia strategicznej oceny oddziaływania na środowisko
• Zgłoszenie szkody w środowisku
• Pozwolenie na wytwarzanie odpadów na terenach zamkniętych
• Pozwolenie na wprowadzanie gazów lub pyłów na terenach zamkniętych
• Wzór zgłoszenia realizacji przedsięwzięcia mogącego znacząco oddziaływań na środowisko, któregowyłącznym celem jest obronność i bezpieczeństwo państwa lub prowadzenie działań ratowniczych izapewnienie bezpieczeństwa cywilnego

Sprawy z zakresu dostępu do informacji

• Uzyskanie informacji o środowisku i jego ochronie